El príncipe Tamino, perseguido por una serpiente, huye adentrándose en el bosque de la Reina de la Noche, que le engatusa para ir en busca de su hija Pamina, ayudado del pajarero Papageno. Para la cruzada, la Reina de la Noche regala a Tamino un objeto mágico de incalculable valor: una flauta mágica.

Lo que Tamino y Papageno no sospechan es que la Reina de la Noche es malvada, y que Pamina está escondida en el palacio de su padre para protegerse de ella.

Después de distintas peripecias y con la ayuda de la flauta mágica, el bien vence sobre el mal y la luz sobre la oscuridad.